2、费用不同。以社会保险中的养老保险为例，企业在职职工缴费时，用人单位需承担缴费基数的16%（深圳等个别地区为13%或14%等，根据5月1日后的改革要求，会逐步过渡到16%），职工个人承担缴费基数的8%，这8%进入到个人账户，两者合计24%。而如果是灵活就业人员，仅需承担缴费基数的20%，其中的8%进入个人账户。可以看出，挂靠单位与灵活就业缴纳的费用不同。
3、待遇差异。如，由于灵活就业人员缴纳的险种较少，无法享受失业保险、生育保险等待遇。在职职工缴纳失业保险一年以后，如果被迫失业时，是可以享受失业金待遇的，而灵活就业人员则无此项。
再比如，在职职工可以享受生育保险的待遇，如报销产检费用、享受生育津贴等，灵活就业人员则无此项福利。
当然，灵活就业人员也有特殊的政策，如4050社保补贴政策是在职职工无法享受的。在全国大半以上的城市，针对4050（多数地区改为4555）就业困难人员，给予一定的补贴。补贴方式各地并不相同，有的是直接降低费率，还有的是缴费后发放补助等方式。
当然，还有一些差异，例如除少数几个省份外，多数省份的女性灵活就业人员退休年龄为55岁，而企业女职工则可以50岁就办理退休。
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